El máximo órgano de gobierno de Fundación Rioja Salud es su Patronato, que se encarga de marcar las directrices de actuación. En la actualidad este Patronato está compuesto por:
Presidente
D. José Ignacio Nieto García
Consejero de Salud, Gobierno de La Rioja
Vicepresidenta
Dña. Divina López Martínez
Presidenta de la Asociación Española Contra el Cáncer de La Rioja
Secretaria y vocal
Dña. Mª Luz de los Mártires Almingol
Directora Gerente del Área de Salud
Vocales
D. José María Corcuera Briones
Secretario General Técnico de la Consejería de Salud
Director Gerente en funciones de Fundación Rioja Salud
D. José Miguel Acitores Augusto
Director General de Salud Pública y Consumo de la Consejería de Salud
Dña. Carmen Sáenz Pastor
Directora General de Aseguramiento Acreditación y Prestaciones de la Consejería de Salud
D. Marcial González Arias
Consejero Delegado de Caja Rioja
